"Make Me..." ra mắt ở vị trí thứ 17 trên bảng xếp hạng Billboard Hot 100 của Mỹ, trở thành bài hát thứ 34 của Spears lọt vào Hot 100 và là đĩa đơn có thứ hạng ra mắt cao thứ 6 trong sự nghiệp của cô, ngang bằng với thành tích của đĩa đơn đầu tay "...Baby One More Time".[16] Nó đạt được hơn 96.000 lượt tải nhạc số trong tuần đầu phát hành, ra mắt ở vị trí thứ 3 trên Hot Digital Songs, cũng như 5,3 triệu lượt streaming và 20 triệu lượt khán giả yêu cầu trên radio.[16] Trên bảng xếp hạng Pop Songs, "Make Me..." ra mắt ở vị trí thứ 31 và leo lên vị trí thứ 24 vào tuần sau.[16] Sau khi phát hành video, bài hát đã tăng hạng trở lại trên Hot 100, từ vị trí thứ 67 đến 43.[17] Với hiệu ứng từ màn trình diễn tại Giải Video âm nhạc của MTV năm 2016, "Make Me..." leo lên vị trí thứ 17 từ vị trí thứ 58, vị trí cao nhất mà nó từng đạt được. Nó đã bán được 71.000 bản trong tuần đó, với doanh số bài hát được hỗ trợ bởi việc giảm giá đến 69 cent trên iTunes Store.[18] Trên bảng xếp hạng Streaming Songs, bài hát tái xuất ở vị trí thứ 33, trở thành vị trí cao nhất của nó.[18]

Tại Úc, bài hát đạt hạng 39 trong tuần đầu, trở thành đĩa đơn top 40 thứ 31 của Spears,[19] và hạng 11 tại Pháp, trở thành bài hát có thứ hạng cao nhất của cô kể từ "Work Bitch" (2013).[20] Tuy nhiên, ở Vương quốc Anh, bài hát đã trở thành đĩa đơn mở đường đầu tiên từ album phòng thu của Spears không lọt vào top 10, đạt vị trí thứ 42.[21]